扎赉特旗地域辽阔，历史悠久。春秋战国时期为东胡旗游牧地；汉晋时为鲜卑地；南北朝为室韦地；唐代为室韦都督府所辖；金代为临潢泰州辖境；元代初为辽阳泰州辖区境，后改隶中书省。明代为兀良哈三卫朵颜卫境，木塔里山卫。明万历年间，成吉思汗弟哈布图哈撒尔第十五世孙博第达喇将科尔沁部以河为界，划给自己的儿子所做牧地，其九子阿敏分得嫩江以西的绰尔河流域，始号扎赉特部。
清顺治五年（1648）置扎赉特旗,隶属哲里木盟。至民国时期仍属哲里木盟，东北沦陷时期隶属为兴安总省。
1947年10月旗人民政府成立，隶属兴安盟。1953年兴安盟撤消后，隶属于内蒙古自治区东部行政公署。1954年东部行政公署撤消，划归呼伦贝尔盟。1969年8月，随呼伦贝尔盟划入黑龙江省。1979年又随呼伦贝尔盟划回内蒙古。1980年7月恢复兴安盟建制至今。
