根据《中共中央、国务院关于内蒙古自治区人民政府机构改革方案的通知》（中委[2000]34号）精神，自治区科学技术委员会更名为自治区科学技术厅，挂自治区知识产权局牌子。自治区科学技术厅是主管科技工作的自治区人民政府组成部门。

　　 自治区科学技术厅的主要职责是：

　　（一） 贯彻执行国家关于发展科学技术的方针、政策、法规、条例，研究制订自治区科技发展战略和科技促进经济与社会发展的政策、法规、条例，并组织监督实施。

　　（二） 研究确定自治区科技发展布局和优先领域，编制自治区科技发展、民用科技发展的中长期规划和年度计划，并组织实施。

　　（三） 研究提出自治区科技体制改革的有关政策和措施；推动科技体制体系建设，提高科技创新能力；指导全区科技体制改革工作。

　　（四）研究多渠道增加科技投入的措施；优化科技资源的配置；负责归口管理的科学事业费、科技三项费和科技外事经费等有关费用的预、决算。

　　（五） 研究制订自治区加强基础性研究、高新技术发展的政策措施和自然科学基金计划、攻关计划，并组织实施。

　　（六） 强化高新技术产业化及应用技术的开发与推广工作；指导科技成果转化；管理自治区级高新技术重点新产品工作；负责火炬计划、星火计划、成果推广计划等科技开发计划的制订并指导实施。

　　（七） 编制自治区科技示范基地、工程技术研究开发中心、科技园区和重点实验室等科技基地的建设规划、计划，并组织实施。

　　（八） 研究科技人才资源的合理配置，提出充分发挥科技人员积极性、创造科技人才成长良好环境的相关政策。

　　（九） 归口管理全区科技合作与交流工作。编制科技合作计划；商签和执行官方科技合作协议、协定；协调重要民间科技合作交流活动；会同有关部门审核派遣出国、出境和邀请外国、地区科技交流团组。

　　（十） 负责归口管理自治区科技成果、科技奖励、科技保密、技术市场、有关科技知识产权保护等工作；制订科学技术普及工作规划，实行政策引导，推动科普工作发展；促进科技咨询、招标、评估等社会中介组织的发展，推动科技服务体系的建立。

　　（十一） 负责科技信息、科技统计工作；审核科研机构的组建和调整；指导全区民营科技工作。

　　（十二） 代表自治区人民政府管理自治区专利工作。

　　（十三） 承办自治区人民政府和国家科学技术部交办的其它事项。